Fondom upravlja Upravno vijeće koje se sastoji od devet članova.
Članovi upravnog vijeća Fonda za obnovu
Imenovani od Vlade RH:
- Ivan Paladina, Ministar prostornoga uređenja, graditeljstva i državne imovine – predsjednik Upravnog vijeća
- dr. sc. Ivan Malenica, ministar pravosuđa i uprave
- Nataša Tramišak, mag. iur., Ministrica regionalnoga razvoja i fondova Europske unije ansparent
- dr. sc. Nina Obuljen Koržinek, Ministrica kulture i medija
- Zdravko Zrinušić, Državni tajnik, Ministarstvo financija
Predstavnici Grada Zagreba:
- mr. sc. Lana Križaj, pročelnica Gradskog ureda za zaštitu spomenika kulture i prirode
- Dario Krnjaković, univ. spec. dipl. ing. arh., pomoćnik pročelnika za građenje i sanaciju oštećenih objekata društvenih djelatnosti i stambenih objekata u Gradskome uredu za prostorno uređenje, izgradnju Grada, graditeljstvo, komunalne poslove i promet Grada Zagreb
Predstavnik Zagrebačke županije:
- Marija Kuzmić, dipl. ing. građ., ovlaštena za privremeno obavljanje poslova pročelnika Upravnog odjela za prostorno uređenje, gradnju i zaštitu okoliša Zagrebačke županije
Predstavnik Krapinsko-zagorske županije:
- mr. sc. Stjepan Bručić, Pročelnik Upravnog odjela za prostorno uređenje, gradnju i zaštitu okoliša Krapinsko-zagorske županije
U Upravno vijeće imenuju se pet predstavnika Republike Hrvatske, dva predstavnika Grada Zagreba, jedan predstavnik Krapinsko-zagorske županije i jedan predstavnik Zagrebačke županije.
- Predstavnike Republike Hrvatske u Upravnom vijeću, od kojih se jedan imenuje kao predsjednik Upravnog vijeća, imenuje Vlada Republike Hrvatske.
- Predstavnike Grada Zagreba u Upravnom vijeću imenuje gradonačelnik Grada Zagreba.
- Predstavnika Krapinsko-zagorske županije u Upravnom vijeću imenuje župan Krapinsko-zagorske županije.
- Predstavnika Zagrebačke županije u Upravnom vijeću imenuje župan Zagrebačke županije.